WebShell允许黑客于服务器上执行命令，以窃取资料，或是把服务器当作攻击跳板，像是窃取凭证、横向移动、实际操作键盘的活动，同时允许黑客常驻于被入侵的服务器内。
采用WebShell攻击的黑客，通常会利用Web应用程序或公开网络服务器上的安全漏洞，他们通过扫描来选定攻击目标，所开发的可能是粗心大意而未被修补的漏洞，有时则是刚被揭露的新漏洞。一旦黑客在服务器上植入了恶意的WebShell，它就会成为长驻被入侵系统最有效的工具之一。微软指出，他们经常看到WebShell唯一的功能就是常驻，成为黑客持续存取受害系统的入口，然而，要找到这个恶意的WebShell并不容易，它们不只可采用不同的语言与架构，而且看起来可能是无害的，更或者是大量的网络流量、再加上各种网络攻击行动所产生的噪音，协助了WebShell的藏匿。
此外，黑客可能把指令隐藏在任何参数中，且除非已使用，否则很难藉由分析WebShell的脉络，来判断它的恶意行为或企图。黑客还会把WebShell放在诸如媒体文件等非可执行文件中，例如在一张照片中嵌入WebShell脚本程序，再将它上传到网页服务器上，当工作站载入并分析该文件时，显示照片是无害的，可一旦浏览器向服务器请求该文件，恶意的WebShell就会在服务器端执行。
专业人士提醒，单一的WebShell就能让黑客远程执行命令，这恐怕会带来深远的影响，组织应该要强化系统来对抗WebShell攻击，包括辨识与修补网页应用程序及服务器的安全漏洞及错误配置；适当地切割网络边界以免企业网络遭到波及；于服务器上启用防毒保护；经常核查日志，小心那些暴露于公开网络的系统；部署及检查防火墙机制；采用严谨的凭证政策，以及限制管理员帐号的使用等。